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    IMIB - INSTITUT FÜR MOLEKULARE INFEKTIONSBIOLOGIE

    Jun. Prof. Dr. Franziska Faber

     

           FORSCHUNGSPROJEKTE

    • kleine RNAs und RNA-bindende Proteine ​​in C. difficile und ihre Rolle bei der Virulenzregulation
       
    • RNA-basierte Antiinfektiva gegen C. difficile
       
    • Mechanismen der Virulenzregulation an der Schnittstelle Wirt-Mikrobiota

    MODEL ORGANISMS

    Forschung

    Darminfektionen stehen häufig in Zusammenhang mit einer zugrundeliegenden mikrobiellen Dysbiose, also einem Ungleichgewicht der Darmflora. Ein gutes Beispiel ist das Bakterium Clostridioides difficile – eine der Hauptursachen für Antibiotika-assoziierte Durchfallerkrankungen: Bei gesunden Menschen verläuft die Infektion mit C. difficile symptomlos. Nach einer Antibiotikabehandlung verursacht das Darmpathogen jedoch ein breites Spektrum an Krankheiten. Daher ist ein grundlegendes Verständnis der Virulenzregulation im Kontext von Pathogen-Mikrobiota-Interaktionen von entscheidender Bedeutung für die Entwicklung neuer Therapie Ansätze.
    Die Bildung von Toxinen und die Fähigkeit, antibiotikaresistente Sporen zu erzeugen, sind die wichtigsten Virulenzfaktoren von C. difficile. Diese tragen zu erheblicher Morbidität, Mortalität sowie zu hohen Rezidivraten bei Patient:innen bei. Ihre Produktion wird durch Stoffwechselsignale gesteuert, deren Abundanz und Zusammensetzung während des Infektionszyklus von der Darmmikrobiota beeinflusst wird.

    In unserer Forschung kombinieren wir Technologien aus den Bereichen der RNA-Biologie, Biochemie, Metabolomik, Genetik und Mikrobiologie. Das übergeordnete Ziel ist die Identifizierung und Charakterisierung RNA-basierter Mechanismen der Virulenzregulation, die als therapeutische Angriffspunkte genutzt werden können.
    Ferner sind wir daran interessiert, wie die Aktivitäten dieser Regulatoren durch mikrobielle und Wirtssignale beeinflusst werden. Um diese Wechselwirkungen besser zu verstehen, verfolgen wir einen Bottom-up-Ansatz, bei dem wir einzelne Interaktionen zwischen Erreger und Darmkommensalen untersuchen. Dazu kombinieren wir mikrobiologische, genetische, Zellkultur- und Metabolomik-Methoden.

    Fuchs M, Lamm-Schmidt V, Lenče T, Sulzer J, Bublitz A, Wackenreuter J, Gerovac M, Strowig T, Faber F (2023)
    A network of small RNAs regulates sporulation initiation in C difficile
    EMBO J doi:10.15252/embj.2022112858

    Fuchs M*, Lamm-Schmidt V*, Sulzer J, Ponath F, Jenniches L, Kirk JA, Fagan RP, Barquist L, Vogel J, Faber F (2021)
    An RNA-centric global view of the clinically important bacterium Clostridioides difficile reveals broad activity of Hfq in a Gram-positive species
    PNAS doi:10.1073/pnas.2103579118

    Lamm-Schmidt V, Fuchs M, Sulzer J, Gerovac M, Hör J, Dersch P, Vogel J, Faber F (2021)
    Grad-seq identifies KhpB as a global RNA-binding protein in Clostridioides difficile that regulates toxin production
    microLife uqab004:10.1093/femsml/uqab004

    Tiffany CR, Lee JY, Rogers AWL, Olsan EE, Morales P, Faber F*, Bäumler A* (2021)
    The metabolic footprint of Clostridia and Erysipelotrichia reveals their role in depleting sugar alcohols in the cecum
    Microbiome 2021 doi: 10.1186/s40168-021-01123-9

    Faber F, Thiennimitr P, Spiga L, Byndloss MX, Litvak Y, Lawhon S, Andrews-Polymenis HL, Winter SE, Bäumler AJ (2017)        
    Respiration of microbiota-derived 1,2-propanediol drives Salmonella expansion during colitis
    PLoS Pathogens 2017 13(1):e1006129

    Faber F, Tran L, Byndloss MX, Lopez CA, Velazquez EM, Kerrinnes T, Nuccio SP, Wangdi T, Fiehn O, Tsolis RM, Bäumler AJ (2016)
    Host-mediated sugar oxidation promotes post-antibiotic pathogen expansion
    Nature 2016 534(7609):697-9

    Publikationen chronologisch (pdf)

    Fanziska Faber

    Gruppenleiterin
    Institut für Molekulare Infektionsbiologie
    AG Faber
    Gebäude: D15
    Raum: 01.021

    Manuela Fuchs

    Doktorandin
    Institut für Molekulare Infektionsbiologie
    AG Faber
    Gebäude: D15
    Raum: 01.029
    Telefon: +49-931-31-81966
    Link: PhD Project

    Vanessa Lamm-Schmitt

    Doktorandin
    Institut für Molekulare Infektionsbiologie
    AG Faber
    Gebäude: D15
    Raum: 01.029
    Telefon: +49-931-31-82039
    Link: PhD Project

    Dr. Tina Lence

    Postdoc
    Institut für Molekulare Infektionsbiologie
    AG Faber
    Gebäude: D15

    Johannes Sulzer

    Doktorand
    Institut für Molekulare Infektionsbiologie
    AG Faber
    Gebäude: D15

    Janet Wackenreuter

    Doktorandin
    Institut für Molekulare Infektionsbiologie
    AG Faber
    Gebäude: D15