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IMIB - INSTITUT FÜR MOLEKULARE INFEKTIONSBIOLOGIE

Prof. Dr. Franziska Faber

 

       FORSCHUNGSPROJEKTE

  • kleine RNAs und RNA-bindende Proteine ​​in C. difficile und ihre Rolle bei der Virulenzregulation
     
  • RNA-basierte Antiinfektiva gegen C. difficile
     
  • Mechanismen der Virulenzregulation an der Schnittstelle Wirt-Mikrobiota

MODEL ORGANISMS

Forschung

Darminfektionen stehen häufig in Zusammenhang mit einer zugrundeliegenden mikrobiellen Dysbiose, also einem Ungleichgewicht der Darmflora. Ein gutes Beispiel ist das Bakterium Clostridioides difficile – eine der Hauptursachen für Antibiotika-assoziierte Durchfallerkrankungen: Bei gesunden Menschen verläuft die Infektion mit C. difficile symptomlos. Nach einer Antibiotikabehandlung verursacht das Darmpathogen jedoch ein breites Spektrum an Krankheiten. Daher ist ein grundlegendes Verständnis der Virulenzregulation im Kontext von Pathogen-Mikrobiota-Interaktionen von entscheidender Bedeutung für die Entwicklung neuer Therapie Ansätze.
Die Bildung von Toxinen und die Fähigkeit, antibiotikaresistente Sporen zu erzeugen, sind die wichtigsten Virulenzfaktoren von C. difficile. Diese tragen zu erheblicher Morbidität, Mortalität sowie zu hohen Rezidivraten bei Patient:innen bei. Ihre Produktion wird durch Stoffwechselsignale gesteuert, deren Abundanz und Zusammensetzung während des Infektionszyklus von der Darmmikrobiota beeinflusst wird.

In unserer Forschung kombinieren wir Technologien aus den Bereichen der RNA-Biologie, Biochemie, Metabolomik, Genetik und Mikrobiologie. Das übergeordnete Ziel ist die Identifizierung und Charakterisierung RNA-basierter Mechanismen der Virulenzregulation, die als therapeutische Angriffspunkte genutzt werden können.
Ferner sind wir daran interessiert, wie die Aktivitäten dieser Regulatoren durch mikrobielle und Wirtssignale beeinflusst werden. Um diese Wechselwirkungen besser zu verstehen, verfolgen wir einen Bottom-up-Ansatz, bei dem wir einzelne Interaktionen zwischen Erreger und Darmkommensalen untersuchen. Dazu kombinieren wir mikrobiologische, genetische, Zellkultur- und Metabolomik-Methoden.

Fuchs M, Lamm-Schmidt V, Lenče T, Sulzer J, Bublitz A, Wackenreuter J, Gerovac M, Strowig T, Faber F (2023)
A network of small RNAs regulates sporulation initiation in C difficile
EMBO J doi:10.15252/embj.2022112858

Fuchs M*, Lamm-Schmidt V*, Sulzer J, Ponath F, Jenniches L, Kirk JA, Fagan RP, Barquist L, Vogel J, Faber F (2021)
An RNA-centric global view of the clinically important bacterium Clostridioides difficile reveals broad activity of Hfq in a Gram-positive species
PNAS doi:10.1073/pnas.2103579118

Lamm-Schmidt V, Fuchs M, Sulzer J, Gerovac M, Hör J, Dersch P, Vogel J, Faber F (2021)
Grad-seq identifies KhpB as a global RNA-binding protein in Clostridioides difficile that regulates toxin production
microLife uqab004:10.1093/femsml/uqab004

Tiffany CR, Lee JY, Rogers AWL, Olsan EE, Morales P, Faber F*, Bäumler A* (2021)
The metabolic footprint of Clostridia and Erysipelotrichia reveals their role in depleting sugar alcohols in the cecum
Microbiome 2021 doi: 10.1186/s40168-021-01123-9

Faber F, Thiennimitr P, Spiga L, Byndloss MX, Litvak Y, Lawhon S, Andrews-Polymenis HL, Winter SE, Bäumler AJ (2017)        
Respiration of microbiota-derived 1,2-propanediol drives Salmonella expansion during colitis
PLoS Pathogens 2017 13(1):e1006129

Faber F, Tran L, Byndloss MX, Lopez CA, Velazquez EM, Kerrinnes T, Nuccio SP, Wangdi T, Fiehn O, Tsolis RM, Bäumler AJ (2016)
Host-mediated sugar oxidation promotes post-antibiotic pathogen expansion
Nature 2016 534(7609):697-9

Publikationen chronologisch (pdf)

Fanziska Faber

Gruppenleiterin
Institut für Molekulare Infektionsbiologie
AG Faber
Gebäude: D15
Raum: 01.021

Dr. Jessica Brock

PhD student
AG Faber
Raum: 01.041
Telefon: +49 931 31-88499

Manuela Fuchs

Doktorandin
Institut für Molekulare Infektionsbiologie
AG Faber
Gebäude: D15
Raum: 01.029
Telefon: +49-931-31-81966
Link: PhD Project

Sara Giddins

PhD student
AG Faber
Raum: 01.041
Telefon: +49 931 31-88503

Vanessa Lamm-Schmitt

Doktorandin
Institut für Molekulare Infektionsbiologie
AG Faber
Gebäude: D15
Raum: 01.029
Telefon: +49-931-31-82039
Link: PhD Project

Johannes Sulzer

Doktorand
Institut für Molekulare Infektionsbiologie
AG Faber
Gebäude: D15

Janet Wackenreuter

Doktorandin
Institut für Molekulare Infektionsbiologie
AG Faber
Gebäude: D15