Die Organe des ZPD als zentraler wissenschafterliche Einrichtung der Julius-Maximilians-Universität Würzburg sind die (Erweiterte) Kollegialleitung sowie die Mitgliederversammlung, deren Zusammensetzung und Aufgaben im Folgenden kurz skizziert werden. Weitere Details sind bei Bedarf in der Ordnung des Zentrums für Philologie und Digitalität „Kallimachos“ einsehbar.

Die Kollegialleitung ist für alle Entscheidungen zuständig, die nicht anderen Organen vorbehalten sind. Insbesondere beschließt sie

1. über die Grundsätze der Verteilung und des Einsatzes von Personal, Räumlichkeiten und Sachmitteln des ZPD und unter Beachtung der Rahmenvorgaben des Präsidiums;
2. unter Berücksichtigung der Empfehlungen der Erweiterten Kollegialleitung über die Besetzung der Stellen der Forschungsgruppenleiter und -leiterinnen und deren Ausstattung;
3. über die wissenschaftliche Entwicklungsplanung.

Zusammen mit der Kollegialleitung bilden die Leiter von wissenschaftlichen Projekten (DFG, BMBF, Akademienprogramm und anderen Fördereinrichtungen) und von Nachwuchsgruppen, die am ZPD tätig sind, sowie ein gewählter Vertreter oder eine gewählte Vertreterin der in Projekten, die am ZPD angesiedelt sind, beschäftigten Doktoranden und Doktorandinnen sowie Postdoktoranden und Postdoktorandinnen die Erweiterte Kollegialleitung. Ihre Aufgaben umfassen insbesondere

1. die Entscheidung über die Aufnahme neuer Mitglieder,
2. die Entscheidung über den Ausschluss von Mitgliedern,
3. das Erstellen einer Vorschlagsliste für die Bestellung der Kollegialleitung,
4. die Abgabe von Empfehlungen und Stellungnahmen zur Entwicklung des ZPD.

Die Mitgliederversammlung setzt sich aus allen Angehörigen des ZPD zusammen und wird mindestens einmal pro Jahr einberufen. Sie

1. nimmt den Jahresbericht der Kollegialleitung zur Tätigkeit des ZPD entgegen,
2. berät über die weitere Entwicklung des ZPD,
3. berät auf Vorlage der Kollegialleitung Vorschläge zur Änderungen der Ordnung des ZPD, welche der Senat der Universität Würzburg auf Vorschlag des Präsidiums erlässt.