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    A.2 - Servicezentrum Forschung und Technologietransfer (SFT)

    Netzwerk Bildanalyse, Visualisierung und Modellierung komplexer Systeme


    weitere Infos zum Netzwerk gibt es hier

    Wir analysieren biomedizinische Daten, nutzen dabei auch Bildanalyse und künstliche Intelligenz. Wir stellen uns gerne auf ihr spezifisches digitales Problem in ihrer Firma ein (Statistische Beratung, Digitale-, und KI-Beratung sowie Bildanalyse) und bieten auch allgemeine Kurse zur digitalen Transformation und zum digitalen Experimentieren an (Speichermedien, Digitalisierung, Kommunikation, KI, Bildanalyse, Industrie 4.0).


    Netzwerkleiter Prof. Dr. med. Thomas Dandekar

    Prof. Dr. med. Thomas Dandekar leitet das Netzwerk 1, es verbindet Bioinformatik mit der Bildanalyse und der Modellierung komplexer 
    Systeme. Ausgehend von der Bioinformatik unterstützt er das Netzwerk und das Zentrum für Digitales Experimentieren mit hochkarätiger Expertise.

    Seine Informatik und Digitalisierungserfahrung betrifft insbesondere die Analyse großer Mengen von biomedizinischen Daten, wir
    entwickeln aber auch eigene Software und nutzen auch Verfahren der Bildanalyse und der künstlichen Intelligenz.

    Prof. Dandekar hat außerdem langjähriges Fachwissen in Biologie (Infektionsbiologie, Phylogenie, Neurobiologie, Immunbiologie) aber 
    auch in Medizin (Krebsforschung, Herz- und Kreislaufkrankheiten, Immunologie, Leberkrankheiten). Er ist außerdem Facharzt für 
    Biochemie, hat die Habilitation in Biochemie und war für diesen Facharzt Prüfer an der Ärztekammer Nordbaden.

    Auf dieser breiten Wissensbasis stellt sich Herr Dandekar gerne auf ihr spezifisches digitales Problem in ihrer Firma ein (Statistische 
    Beratung, Digitale-, und KI-Beratung sowie Bildanalyse) und bieten auch allgemeine Kurse zur digitalen Transformation und zum digitalen 
    Experimentieren an (Speichermedien, Digitalisierung, Kommunikation, KI, Bildanalyse, Industrie 4.0). Besonders faszinieren ihn alle 
    Querverbindungen zwischen Informatik, Biologie und Medizin und ist auch da begeistert für alle Möglichkeiten der Zusammenarbeit im 
    Firmen-Netzwerk.


    Dr. Elena Bencúrová, stellvertretende Netzwerkleiterin

    Dr. Elena Bencúrová ist wissenschaftliche Mitarbeiterin am Lehrstuhl für Bioinformatik.

    Ihr Hauptaugenmerk liegt auf synthetischer Biologie und Mikrobiologie. Sie forscht auch im Bereich der natürlichen Datenspeicherung (DNA-Speicherung) und natürliche Polymerforschung (Nanocellulose).


    Wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter im Netzwerk Bildanalyse, Visualisierung und Modellierung komplexer Systeme

    Dr. Markus Ankenbrand

    Dr. Markus Ankenbrand ist wissenschaftlicher Mitarbeiter am Center for Computational and Theoretical Biology (CCTB).

    Er hat Biologie und Informatik an der Universität Würzburg studiert und an der Graduate School of Life Sciences promoviert. Besonders interessiert er sich dafür mithilfe bioinformatischer Methoden mehr aus komplexen Daten herauszuholen. Das beinhaltet die Entwicklung von Methoden und Programmen zur Aggregation, Verarbeitung und Visualisierung in den verschiedensten Fachbereichen, einschließlich Genetik, Evolutionsbiologie, Ökologie und medizinische Bildgebung.

    Aktuell steht die Interpretierbarkeit von Modellen des maschinellen Lernens im Fokus. Neben der fachlichen Expertise bringt er seine Leidenschaft für Lehre in das ZDEX Projekt ein.

    Fabian Bötzl

    Ich bin Biologe und spezialisiert in Agrarökologie und Biodiversitätsforschung.

    In meiner Arbeit beschäftige ich mich vor allem mit den Effekten verschiedener Agrarumweltmaßnahmen (Blühflächen) auf Artenvielfalt und Ökosystemfunktionen (wie  Bestäubung oder natürliche Schädlingskontrolle). Eine wichtige Fragestellung ist hierbei, wie Agrarumweltmaßnahmen ausgestaltet sein müssen, um ein Maximum an Artenvielfalt zu unterstützen.

    Prof. Dr. Sabine Fischer

    Prof. Dr. Sabine Fischer ist Professor für Supramolekulare and Zelluläre Simulationen am Center for Computational and Theoretical Biology (CCTB).

    Sie hat in Würzburg Mathematik studiert und in Nottingham (UK) promoviert. Danach hat sie am Institut für Genetik der Universität Cambridge (UK) und an der Göthe Universität Frankfurt am Main geforscht. Bevor sie den Ruf als Professorin an der Universität Würzburg annahm war sie als Entwicklungsingenieur in einem Frankfurter Unternehmen tätig.

    Heute forscht sie mit ihrer Arbeitsgruppe an bildbasierter mathematischer Modellierung multizellulärer Systeme in der biomedizinischen Forschung. Dabei liegt der Schwerpunkt auf der Frage wie Zellen in einem Gewebe interagieren, insbesondere der Einfluss der zellulären Nachbarschaft auf das Verhalten einer einzelnen Zelle. Die Expertise ihrer Arbeitsgruppe umfasst Methoden der agenten-basierten Modellierung, der Statistik, der Bildverarbeitung, des maschinelles Lernens und der dreidimensionalen Visualisierung.

    Nicolas Hagedorn

    Nicolas Hagedorn ist seit August 2020 Doktorand am Lehrstuhl für Zell- und Entwicklungsbiologie. Er arbeitet mit Leishmanien, einem einzelligen Parasiten, der im Menschen Makrophagen als Wirtszelle nutzt.

    In seiner Arbeit entschlüsselt er das Proteom des Infektionsprozesses mit Hilfe von Protein-Massenspektrometrie. Dabei sollen potentielle Virulenzfaktoren mit Hilfe Computer-gestützter Recherche in Protein-Datenbanken identifiziert und darauf folgend molekularbiologisch und biochemisch untersucht werden

    PD Dr. Andrea Holzschuh

    Expertise: Ökologie, Arten und Naturschutz, Agrarökologie, Sportökologie, Agrarumweltmaßnahmen, Ökolandbau, Saatgutmischungen, Bestäubungsleistungen, Wildbienen

    Prof. Dr. Philip Kollmannsberger

    Prof. Dr. Philip Kollmannsberger ist Juniorprofessor für Computergestützte Bildanalyse am Center for Computational and Theoretical Biology (CCTB).

    Nach seiner Promotion in Physik an der FAU Erlangen forschte er am Max-Planck-Institut für Kolloid- und Grenzflächenforschung in Golm und an der ETH Zürich, bevor er 2016 einen Ruf auf eine W1-Professur in Würzburg annahm. Mit seiner Arbeitsgruppe entwickelt er neue KI-basierte Verfahren zur Analyse hochaufgelöster licht- und elektronenmikroskopischer Bilddaten. Darüberhinaus interessiert er sich für die Bildgebung, Quantifizierung und Modellierung komplexer biologischer Systeme, wie etwa zellulärer Netzwerke.

    Prof. Dr. Arthur Korte

    Prof. Dr. Arthur Korte ist Juniorprofessor für Evolutionäre Genomik am Center for Computational and Theoretical Biology (CCTB).

    Er studierte Biologie an der Universität Freiburg und promovierte 2009 am Institut für Botanik der TU München.Nach der Promotion forschte er an der TU München und dem Gregor-Mendel-Institut für Molekulare Pflanzenbiologie in Wien.

    Seit 2015 erforscht er mit seiner Arbeitsgruppe den Zusammenhang zwischen Genotyp, Phänotyp und Umwelt. Ziel ist es genomische Regionen zu identifizieren die wichtig für die Anpassung von Pflanzen an verschiedene Umweltbedingungen sind. Dabei kommen immer mehr auch Methoden des maschinellen Lernens zum Einsatz um Muster in den komplexen Systemen zu entdecken.

    Prof. Dr. Jochen Krauß

    Expertise: Ökologie, Arten und Naturschutz, Landschaftsökologie, Agrarumweltmaßnahmen, Tagfalter, Agrargräser, Insekten, Endophyten

    Dr. Tobias Müller

    Statistik, Bioinformatik, Genetik, Genomanalyse

    Stefan Obermeier

    Systemadministration, HPC, Digitalisierung

    PD Dr. Marcell Peters

    PD Dr. Marcell Peters ist Akademischer Rat am Lehrstuhl für Tierökologie und Tropenbiologie am Biozentrum der Universität Würzburg.

    In seinen Forschungsarbeiten untersucht er die Veränderungen von Biodiversität und ökologischen Funktionen auf Bergen und in vom Menschen veränderten Umwelten.

    Prof. Dr. Juliano Sarmento-Cabral

    Prof. Dr. Juliano Sarmento-Cabral ist Juniorprofessor für Ökosystem Modelierung am Center for Computational and Theoretical Biology (CCTB).

    Er hat Biologie in Recife in Brasilien, mit Austausch in den USA, studiert und in Potsdam promoviert. Seit der Promotion hat er sich in der Forschung und Lehre in Brasilien, Südafrika, Panama, Kenia, Italien, China und Deutschland engagiert. Sein wissenschaftliches Interesse ist sehr breit und beinhaltet die Felder: öko-evolutionäre Feedbacks, ökologische Nische, metabolische Theorien, Dynamik von Populationen und Artengemeinchaften, Landschaftsökologie, tropische Biologie, Macroökologie, Macroevolution, Biogeographie, Naturschutz und Nachhaltigkeit.

    Sein besonderes Interesse gilt der Synthese all dieser Felder durch die Untersuchung von Biodiversität und deren Dynamik über alle Skalenebenen und Ebene ökologischer Organisation. In seiner Forschung beschränkt er sich nicht auf natürliche Biodiversitätsdynamik sondern er erforscht auch den Einfluss von Landnutzung und Klimawandel.